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　　毛细血管电泳仪采用的是以弹性石英毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，依据样品中各组分之间淌度和分配行为上的差异而实现分离的电泳分离分析方法。原理是熔融石英毛细管的两端分别浸在含有电解缓冲液的贮液瓶中，毛细管内也充满同样的电解缓冲液。

　　在毛细管接收端之前安装在线检测系统。被分析样品可以从进样系统采用重力法、电迁移法、抽真空法等多种进样方式引入到毛细管的进样端。当样品被引入后,便开始在毛细管两端施加电压。样品溶液中溶质的带电组分在电场的作用下根据各自的荷质比向检测系统方向定向迁移。

　　毛细血管电泳仪凝胶电泳分离原理：

　　凝胶电泳是凝胶移到毛细管中用为支撑物进行分离的区带电泳。凝胶是一种固态的分散的体系。具有多孔性，类似于分子筛的作用，被分离物在通过装入毛细管内的凝胶力，按照各自分子的体积大小逐一分离，分子体积大的首先被分离出来，适用于生物大分子的分析，可纯粹按分子体种大小进行分离，以决定蛋白质的分子量，可以识别一个碱基差异的寡核苷酸，可分离顿狈础片段，如微卫星分析，可改变凝胶的浓度不控制分离的范围，如笔颁搁产物的分析。